Desconocemos la fecha de construcción de la primitiva ermita, pero por su advocación a San Sebastián, protector contra las enfermedades y epidemias, y su ubicación extramuros de la población, se supone que puede datar de época fernandina o del último tercio del s. XIV, poco después de la llegada de la peste negra a la localidad. Sirvió de Parroquia del pueblo hasta mediados del S.XVII, fecha en la que la actual Iglesia se reformó y provocó poco a poco el abandono de este edificio, que tenía un cementerio anexo. Podemos destacar su portada barroca adintelada con frontón partido por una hornacina flanqueada por volutas, con sendos pináculos laterales y uno central, y espadaña rematando el conjunto.

Tras diversos avatares históricos y ser utilizada como escuela a principios del s. XX, como cárcel tras la Guerra Civil, y almacén de cereales en años posteriores, en 1973 sufre su última reforma exterior en la que adquiere su imagen actual, y en 1992 la última interior. Hoy en día comparte advocación con Ntra. Sra. del Rosario, patrona de la localidad cuya imagen alberga.